Useimmat matelijat hengittävät ihmisten tavoin: he hengittävät happea sieraintensa tai suunsa kautta. Kuitenkin vesi-kilpikonnat ja jotkut käärmeet voivat myös uuttaa pieniä määriä happea vedestä. Vaikka käärmeet tavallisesti pintaansa täyttävät hapen myymälöissään, ne voivat imeä jonkin verran happea vedestä ihon kautta. Kilpikonnat vetävät happea vedestä ihon läpi kaulaansa ja naamiinsa - kammioon, jonka läpi ulosteet, uraatit ja munat kulkevat.
Lämpötilasta riippuva kaasuläppä
Useimmat matelijat ovat ektotermisiä eläimiä, mikä tarkoittaa, että niiden biologiset prosessit tapahtuvat nopeammin, kun eläimet ovat lämpimiä ja hitaampia, kun eläimet ovat jäähtyneet. Tämä tarkoittaa sitä, että mitä korkeampi lämpötila, sitä enemmän happi matelijat vaativat. Siksi kylmissä lämpötiloissa, kuten talven lepotilassa, jotkut käärmeet ja kilpikonnat voivat uuttaa riittävästi happea vedestä tarpeidensa tarpeisiin tarvitsematta pintaan ilmasta.